ისტორიული ცნობების თანახმად, ბედიის კომპლექსი X საუკუნის მიწურულს, დაახლოებით 999 წელს ააგო გაერთიანებული  საქართველოს პირველმა მეფემ ბაგრატ III ბაგრატიონმა და მასვე აქ საეპისკოპოსო დაუარსებია. სამონასტრო კომპლექსის მთავარ ნაგებობას წარმოადგენს ეზოს ცენტრში აგებული ბედიის ღვთისმშობლის სახელობის ტაძარი. მისგან დასავლეთით შემორჩენილია ბედიელ მიტროპოლიტთა ორსართულიანი სასახლე.

ბედიის ტაძრის ფასადებზე, ინტერიერში, ფრესკებსა და საეკლესიო ნივთებზე შემორჩენილია ლაპიდარული წარწერები, რომლებიც შესრულებულია ქართული ასომთავრული დამწერლობით და მოგვითხრობენ ტაძრის მშენებლობის, განახლება-რესტავრაციის ამბებს.

აქვე იყო განთავსებული უნიკალური წიგნსაცავი, სადაც მიმდინარეობდა ძველ ხელნაწერთა გადაწერა, საღვთისმეტყველო წიგნების თარგმნა და წიგნსაცავის შევსება ახალი ხელნაწერებით. ბედიის სამონასტრო კომპლექსი წარმოადგენს საქართველოს ერთიანობისა და განუყოფლობის სიმბოლოს. აქ დასაფლავებულია გაერთიანებული საქართველოს პირველი მეფე ბაგრატ III და დედამისი – დედოფალი გურანდუხტი.

მონასტერში დაწყებულია „სარესტავრაციო სამუშაოები“, რომელიც ძეგლისთვის შესაძლოა, სავალალო აღმოჩნდეს, რადგან იშლება ქართული კვალი მონასტრის კედლებსა და ისტორიულ ფრესკებზე. ბაგრატ III-ს ფრესკა კედლის ე.წ. “გამაგრებითი სამუშაოების” შედეგად დაიკარგა.

ბედიის ტაძარს მინიჭებული აქვს საქართველოს ეროვნული მნიშვნელობის ძეგლის სტატუსი.